Struktur organisasi MTsN 1 Lima Puluh Kota disusun untuk mendukung kelancaran penyelenggaraan pendidikan dan tata kelola madrasah secara efektif. Dalam struktur ini tergambar pembagian tugas, wewenang, dan tanggung jawab masing-masing unsur madrasah, mulai dari kepala madrasah, wakil kepala bidang, guru, tenaga kependidikan, hingga staf tata usaha.

Dengan adanya struktur organisasi ini, diharapkan seluruh warga madrasah dapat bekerja sama secara harmonis, profesional, dan terarah dalam mewujudkan visi, misi, serta tujuan MTsN 1 Lima Puluh Kota, yakni menghasilkan peserta didik yang beriman, berilmu, berakhlak mulia, serta berdaya saing.